影響食用菌因素有：營養物質、酸堿度、溫度、水分、氧和二氧化碳、光照以及生物因素。
A、 營養物質
營養物質的利用是通過菌絲分泌木質素酶，
一般地說，真菌在菌絲迅速生長期間，其基質的C/N比高，往往有利于脂肪的合成，在孢子萌發的前期C/N比高，后期低，總得來說：在子實體分化發育階段，C/N過高則不能形成菌蕾；C/N過低，則又使眾多的原基夭折。菌絲生長階段的C/N約為20:1；子實體分化階段，C/N約為18:1。
B、 酸堿度
大多數真菌是喜酸性基質的，一般能適應的pH范圍為3-8，香菇為4.0-5.4，木耳為5.0-5.4，雙孢蘑菇為6.8-7.0，金針菇為5.4-6.0，猴頭菇為4.0，草菇為7.5。加入適量磷酸氫二鉀等緩沖物質，使培養基的pH得到穩定，在產酸過多時，可添加適量的碳酸鈣等
C、 溫度
喜低溫或低溫結實的有金針菇和滑菇；喜高溫的有草菇，
關于溫度與食用菌生長發育關系點：
a 食用菌的菌絲體較耐低溫。b、 菌落在瓊脂平板上的最快生長速度的溫度，不一定就是生理上最佳溫度。C就香菇而言，晝夜溫差幅度增大，可以刺激成熟的菌絲體形成原基。
D、 水分和濕度
香菇和金針菇的代料栽培中，培養料的含水量為干料的1.8-2.6 倍，菌絲生長最佳。但在子實體分化發育期，則以水分為干料重量的2.6-3.4 倍為最適宜。
適宜于食用菌生長的培養料含水量約為濕料總重量的60%。相對濕度一般控制在80-90%之間。
E、 氧和二氧化碳
食用菌都是好氣性的，對蘑菇及草菇，當CO2濃度超過0.1%時，就對子實體產生毒害作用。當CO2濃度在1000ppm以下時，平菇子實體尚可正常形成，但當其濃度超過1300ppm時，子實體出現畸形。
F、 光照
光照對于食用菌子實體分化和發育關系重大，對菌絲生長幾乎沒有關系。只有雙孢蘑菇和大肥菇可以在完全黑暗的條件下正常生長
